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23 Jan 2025 Ingénieur en développement d’application web

Un poste d'ingénieur-e d'études en développement d’application web est ouvert en contrat CDD d'un an renouvelable, sur la plateforme bioinformatique des plantes PlantBioinfoPF de l'URGI.
IMPORTANT : ce poste peut être localisé sur le centre INRAE ÃŽle-de-France Versailles-Saclay (site de Versailles) ou sur le centre INRAE Occitanie-Toulouse (site d'Auzeville) à la convenance du candidat.

L’URGI, unité INRAE de services en bioinformatique dédiée à la génomique et à la génétique des plantes, recrute un-e ingénieur-e en développement web, en contrat CDD pour 12 mois, potentiellement renouvelable. La personne recrutée intégrera le service «données et fédérations », comprenant dix ingénieurs bio-informaticien et suivant des méthodologies agiles.

Description et candidature :
https://jobs.inrae.fr/ot-23667

N'hésitez pas à nous contacter avant toute candidature pour obtenir des informations complémentaires :

  • Raphaël Flores ( raphael.flores@inrae.fr )
  • Célia Michotey ( celia.michotey@inrae.fr )

Calendrier :

  • Clôture des inscriptions : 22 février 2025 (auditions au fil de l'eau)
  • Date de prise de fonction : à partir d'avril 2025

Missions

La personne recrutée développera un outil de visualisation de données issues de la biologie translationnelle, associant un arbre phylogénétique et des données omiques. L’outil permettra la visualisation des groupes d’orthologues, mais aussi des traits ou caractères d’intérêt, de la fonction, de la localisation cellulaire (en s’appuyant lorsque pertinent sur des ontologies du domaine). Des références bibliographiques associées aux gènes présents dans ces groupes d’orthologie ainsi que des liens vers des services externes sont également à prévoir (ie. vers SyntenyViewer ).

Les données à visualiser seront à structurer dans un format pertinent permettant (i) leur exploitation par l’outil développé et (ii) leur interopérabilité avec des bases de données orientées graphes Neo4j et RDF. Une activité de manipulation et gestion des données est donc à prévoir.

Dans un second temps, la personne recrutée travaillera à la mise en place d’un outil de visualisation web pour faciliter l’interrogation et l’accès aux autres données intégrées dans les bases graphes de l’URGI par ses utilisateurs. Une action de veille technologique lui permettra d’identifier des outils pertinents à réutiliser. Elle les adaptera pour présenter des données de génomique comparative dans un panel d’espèces de plantes et/ou d’animaux répondant aux requêtes des utilisateurs.

Les développements s’intégreront au système d’information de l’URGI.

Ses activités seront principalement au service des projets BReIF et AgroDIV 1 .

Compétences nécessaires

  • Maîtrise de Python et des technologies web (Javascript, HTML...).
  • Bonnes capacités relationnelles, goût pour le travail en équipe.
  • Connaissances de bases en génomique, phylogénie et biologie végétale.
  • Modélisation de données, ontologies et web sémantique.

Compétences optionnelles (Formation durant le contrat)

  • Outil de gestion de version (git)
  • Maîtrise de l’anglais technique du domaine.
  • Maîtrise de l’environnement Linux.

Formation

Licence, Master, École d’ingénieur en informatique ou bio-informatique

1 https://www.agrobrc-rare.org/actualites/lancement-des-projets-agrodiv-et-breif-du-pepr-agroecologie-et-numerique


Creation date: 23 Jan 2025