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2012

24 Oct 2012 1 position available at URGI

La plateforme bioinformatique de l'URGI (http://urgi.versailles.inra.fr), unité INRA de recherches en génomique info (31 bioinformaticiens dont 20 permanents INRA) dédiée à la génomique et à la génétique des plantes et de ses bioagresseurs(Champignons) recherche 1 ingénieur en développement d’applications.
Contexte scientifique:
La personne recrutée interviendra dans le cadre du projet GenOak.
Un des principaux objectifs de ce projet est d'identifier les gènes et allèles qui confèrent une adaptation locale, afin (i) de surveiller leur diversité dans les milieux écologiques contrastées,
(ii) de prévoir leurs changements évolutifs en raison des changements climatiques, et (iii) de renforcer les efforts de gestion visant à améliorer la santé et la productivité des forêts.
Grâce à son séquençage (en phase finale d'assemblage) par le genoscope, l'URGI (l'un des 4 partenaires INRA) participe au développement des ressources génomiques du chêne afin d'étudier la structure, la variabilité, l'évolution et le fonctionnement de son génome. Plus précisement, le laboratoire est en charge de l'annotation structurale et fonctionnelle du génome qui consiste à détecter des gènes et répétitions et d'en inférer leur fonction.
Environnement:
La personne recrutée aura pour mission de faire évoluer le pipeline REPET (http://urgi.versailles.inra.fr/Tools/REPET) dans le cadre de la tâche  "REPEAT ELEMENTS IDENTIFICATION AND ANNOTATION" du projet GenOak.
Pour cela il/elle intègrera une équipe spécialisée dans le développement de chaînes de bioanalyses (pipeline).
Cette équipe maintient et fait évoluer un socle logiciel communs aux différents pipeline développés au laboratoire.
Il s'agira aussi d'être en mesure de valider la pertinence scientifique et biologique des améliorations apportées et des résultats obtenus.
L'ingénieur recruté mettra également en oeuvre certaines pratiques d'une  méthode agile (l'eXtreme Programming):
réunions quotidiennes, développements pilotés par les tests, intégration continue, programmation en binômes, ...
Compétences:
-écriture de spécifications fonctionnelles
-programmation: écriture de script et programmation objet
-language: python
-environement: LINUX
-goût marqué pour le travail en équipe, capacité à échanger, bon relationel
-anglais technique du domaine
-bioanalyse: comparaison de séquences, annotation de gènes
Formation : Master2 (bioinformatique, informatique) ou Ecole d’ingénieur.
Lieu de travail du poste :  centre INRA de Versailles (http://www.versailles.inra.fr)
Les candidatures (CV et lettre de motivation) sont à envoyer en format électronique à:
Olivier Inizan,  oinizan@versailles.inra.fr, 01 30 83 38 25
Avant le 31/10/2012
Les entretiens pour les candidats admissibles à l'oral sont prévus le 09/11/2012

Update: 20 Dec 2013
Creation date: 24 Oct 2012
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